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木笛是一種非常迷人的樂器，它最誘人的地方就在於甜美、純樸的音色以及簡單的構造。要說出木笛最早出現的時間，是一件很困難的事了。在十二、三世紀時，一些基督教的文獻、壁畫圖案中已有早期木笛的圖案出現；現今所知最古老的一隻木笛是在荷蘭的一間十五世紀的石屋中被發現的。

但無論如何，十六世紀是木笛蓬勃發展的一個世紀是無庸置疑的。十六世紀時威尼斯是木管樂器的製造中心，當時是成套的訂製木笛(如一或二把的高音、中音、次中音木笛及一把低音木笛，這也奠定了十七、八世紀木笛室內樂的演奏基礎)，這些木笛的外型很簡單，除了最大尺寸的低音木笛外(參閱木笛家族介紹)都是一體成形的文藝復興笛，而非組合式的巴洛克式木笛。現今在歐美各大博物館展示的文藝復興木笛，可以顯示當時的手藝是多麼的精良，而現今很多的出名演奏家，以當時的木笛來演奏的錄音顯示它們的音準、音色是多麼的完美無暇。

到了十七世紀的後半葉，木管樂器製造的革新移轉至法國。當時的木管樂器如長笛、木笛、蕭姆管等，正由文藝復興時期的一體成形結構轉成巴洛克時期的三節式組合式結構。巴洛克式木笛不但在外型上面作精美的雕刻裝飾以改善文藝復興笛簡單的外型，更在樂器的【內徑】做改善，以提供音色、力度及機械性能的改進，以增加巴洛克時期裝飾及即興演奏的性質(而這些改變已經和現代木笛的形式相當的接近了)。

在巴洛克時期，業餘演奏者最流行的樂器是中音木笛， 在法國鄉間的牧羊人及牧羊女以一對木笛或法國風笛演奏鄉村舞曲；在倫敦，城市附近的紳士在口袋中放著一把木笛，閒時取出來演奏一些乞丐歌劇中的流行曲調，或和朋友一起演奏一些名作曲家為通俗大眾所編寫的二重奏樂曲。而巴洛克時期的一些重要作曲家則為木笛編寫了非常多的重要曲目。例如巴哈及韓德爾為木笛清新、純淨及田園景色的特殊音質在他們的清唱劇中做了最精采的描述；另外泰雷曼、巴哈及韓德爾等人也為木笛的演奏技術及音樂表現做了非常大的貢獻(例如巴哈的布蘭登堡協奏曲第二、四號；韓德爾的四首木笛奏鳴曲；泰雷曼的a小調組曲、短笛奏鳴曲等)。

總之，十八世紀是木笛樂器的全盛時期。有趣的是巴哈雖為木笛做了相當多的作品，但從未寫過木笛的奏鳴曲， 倒是為長笛作了很多的奏鳴曲，這也顯示出十八世紀中葉之後，長笛、木笛發展趨勢消長的一個徵兆。木笛作為一項巴洛克時期的獨奏樂器雖然光輝燦爛，但是卻屬曇花一現，他的地位很快的就被巴洛克長笛取代了。巴洛克後半時期，音樂演奏風格漸漸改變，此時期強調強弱音的細微差異，即單音及樂句間強弱音的突強與突弱。這效果在木笛演奏技巧上是不可能做到的。木笛的田園風格，其實並不適合當時所盛行的華麗風格的主觀情緒，最後在弦樂加木管樂器組的古典管絃樂團及其後在加入銅管、打擊樂器的浪漫時期全編制的管絃樂團的競爭下終於敗下陣來。於是木笛淪落成考古者的珍品、博物館的珍貴收藏的慘澹下場，而這種局面維持了一百五十年之久。

十九世紀末，一些音樂學者對巴哈、韓德爾之前被忽視的音樂作品感到興趣，於是有了古樂的復興。到了二十世紀初，木笛也開始復興，這主要是受到英國Dolmetsch家族的影響。Arnold Dolmetsch是一位優秀的小提琴家， 他對早期音樂的興趣使他重新製作古提琴、古鋼琴及木笛。而他及他的兒子Carl Dolmetsch參考博物館內的木笛，製作出非常優秀的巴洛克式木笛，另外有更多的個人工作室或大型企業(如德國的Moeck、日本的Yamaha、Aulos等)也投入木笛樂器的生產(不管是各種材質的木笛或是塑膠製的直笛)，更由於幼兒音樂教育(例如Karl Orff教學法)及學校音樂教育的大量使用更促進了木笛音樂的大量普及。當然現代一些偉大的木笛音樂演奏者及作曲者，為古代木笛音樂的演奏錄音及現代木笛音樂的創作，做了相當大的貢獻也是值得大書特書的了。